Après avoir terminé le programme de maîtrise au département d'architecture de l'université des arts de Tokyo, il a fondé Junya Ishigami Architects en 2004, après avoir travaillé chez Kazuyo Sejima & Associates.
Parmi ses œuvres majeures, citons Kanagawa Institute of Technology KAIT Workshop / KAIT Plaza, Park Groot Vijversburg Visitor Center, Botanical Garden Art Biotop "Water Garden", Serpentine Pavilion 2019 et House & Restaurant.
Il a reçu des prix tels que le prix de l'Institut d'architecture du Japon (2009), le Lion d'or du meilleur projet à la 12e exposition internationale d'architecture de la Biennale de Venise, le Mainichi Design Award (2010), le prix d'encouragement à l'art pour les nouveaux artistes (beaux-arts) du ministre de l'éducation, de la culture, des sports, des sciences et de la technologie, le OBEL AWARD de la Fondation Henrik Frode Obel (2019).